Warum ich bei der Stuhlanalyse auf Sequenzierung setze

Wenn es um Darmdiagnostik geht, hat fast jeder schon einmal von „Stuhluntersuchung“ gehört – aber nicht jede Stuhluntersuchung ist gleich. Die Methode, mit der eine Probe analysiert wird, entscheidet maßgeblich darüber, wie aussagekräftig das Ergebnis ist. Deshalb setze ich in meiner Praxis auf molekulargenetische Sequenzierungsverfahren statt auf die klassische Kulturanzucht.

Der klassische Ansatz: Anzucht auf Nährböden

Was gesichert ist: Die traditionelle mikrobiologische Stuhldiagnostik basiert darauf, Bakterien aus der Probe auf Nährmedien anzuzüchten und anschließend zu differenzieren. Diese Methode hat eine entscheidende Einschränkung: Die meisten Bakterienarten im Darm sind anaerob (sauerstoffempfindlich) und lassen sich unter Laborbedingungen gar nicht oder nur sehr eingeschränkt anzüchten. Ein Großteil des tatsächlich vorhandenen Mikrobioms bleibt bei diesem Verfahren schlicht unsichtbar.

Der molekulargenetische Ansatz: Sequenzierung

Was gesichert ist: Bei der 16S-rRNA-Sequenzierung wird ein für Bakterien charakteristischer Genabschnitt direkt aus der Probe analysiert – unabhängig davon, ob sich die jeweilige Bakterienart anzüchten lässt oder nicht. Das ermöglicht ein deutlich vollständigeres Bild der tatsächlich vorhandenen mikrobiellen Zusammensetzung, einschließlich der schwer kultivierbaren, aber oft klinisch relevanten anaeroben Arten.

Eine ehrliche Einschränkung, die dazugehört

Was differenziert zu betrachten ist: Auch die Sequenzierung ist kein Allheilmittel. Eine aktuelle fachliche Einschätzung (CME-Fortbildung für Ärzte, 2025) betont ausdrücklich: Es gibt derzeit keinen einheitlichen Goldstandard für die Durchführung und Auswertung von Mikrobiomanalysen, die Interpretation erfordert Zurückhaltung, und die Anwendung in der klinischen Diagnostik steht insgesamt noch relativ am Anfang. Auch Ringversuche verschiedener Labore (INSTAND e.V.) zeigen, dass Ergebnisse zwischen unterschiedlichen Anbietern nicht ohne Weiteres vergleichbar sind, wenn keine standardisierten Verfahren verwendet werden.

Das ändert nichts daran, dass Sequenzierungsverfahren der klassischen Kulturanzucht in Sachen Vollständigkeit überlegen sind – es bedeutet aber, dass die Ergebnisse mit fachlicher Erfahrung und Zurückhaltung interpretiert werden müssen, statt sie unreflektiert als „die eine Wahrheit“ über Ihren Darm zu behandeln.

Was das für Sie bedeutet

Eine sequenzierungsbasierte Stuhlanalyse gibt mir ein deutlich vollständigeres Bild Ihrer Darmflora als ein klassischer Kulturansatz – gerade bei Fragestellungen rund um Dysbiose oder funktionelle Beschwerden. Das Ergebnis ist aber ein Baustein unter mehreren, nicht die alleinige Grundlage einer Diagnose – es wird immer im Zusammenhang mit Ihrer individuellen Anamnese und ggf. weiteren Befunden interpretiert.

Quellen (Auswahl): CME-Kurs, Sinn und Unsinn von Stuhlanalysen (2025); Trillium Immunologie, Wie vermisst man das Darmmikrobiom? (2019); Trillium Diagnostik, Qualitätsmanagement der Mikrobiom-Analytik (INSTAND-Ringversuche).

Hinweis: Dieser Text ersetzt keine individuelle Diagnostik oder Beratung.